Можно ли вести учёт по агентским договорам в 1С:Бухгалтерии?

Да. В редакции 3.0 поддерживаются основные сценарии посреднических и агентских операций.

Конкретная схема зависит от роли организации: агент, комиссионер, принципал или комитент, а также от того, действует посредник от своего имени или от имени принципала. Для каждого сценария используются свои документы и настройки договора.