Можно ли выписывать отрицательные счета-фактуры?

Обычный счёт-фактуру с «минусом» использовать как универсальный способ корректировки не следует.

Если после отгрузки меняется цена или количество и уменьшается стоимость поставки, применяется корректировочный счёт-фактура. В нём показываются показатели до и после изменения и разница в установленном формате.